Ведомство напоминает, что сведения о применяемой участниками закупок системе налогообложения не включены в перечень документов и сведений, которые участники закупок должны представлять в составе заявки на участие в закупке. 44-ФЗ не определяет порядок действий заказчика, если победитель использует упрощенную систему налогообложения.
Контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене, предложенной победителем вне зависимости от применяемой системы налогообложения. Сумма должна быть выплачена победителю в установленном контрактом размере. Корректировка заказчиком цены контракта, предложенной победителем с УСН, в 44-ФЗ не предусмотрена. Победитель предлагает цену контракта с учетом всех накладных расходов, а также налогов и сборов, которые он обязан уплатить.
При этом в контракт включаются обязательные условия об уменьшении суммы на размер налогов, сборов и иных обязательных платежей, связанных с оплатой контракта, если такие налоги подлежат уплате заказчиком. Вместе с тем предусмотрена возможность снижения цены контракта по соглашению сторон при условии, что такой момент был прописан в документации о закупке и контракте.
Письмо Минфина России от 15.05.2019 № 24-01-07/34829
Ранее было рассмотрено Дело № А40-88142/2018 
https://kad.arbitr.ru/Card/0832c9e3-710f-4f79-b60f-c2..
Заказчик
Указал в проекте госконтракта, что цена включает НДС.
Поставщик на УСН
Пожаловался в ФАС.
ФАС
Прав поставщик. Заказчик должен был установить обязательное условие об уменьшении суммы на размер НДС.
Суды трех инстанций
Прав поставщик. Надо было установить условие об уменьшении суммы.
Верховный суд
Прав заказчик. Контракт по итогам аукциона заключается и оплачивается по цене, предложенной участником, вне зависимости от системы налогообложения. Корректировка заказчиком цены, предложенной участником на УСН, не допускается. В связи с этим указание в проекте контракта цены, включающей НДС, не противоречит законодательству.
Указание цены, включающей НДС, не свидетельствует о нарушении прав участника закупки, поскольку не возлагает на участника закупки, применяющего УСН, безусловной обязанности по уплате НДС.
Источник: https://tender-rus.ru/news/minfin-pro-nds-i-usn